据《中国地名辞源》：谿名来自萨迦寺名，十一世纪昆·贡觉杰布在冲堆地方的仲曲河北岸山坡上建寺，因寺庙建在灰白土旁故名，藏语意为灰白土之意。日喀则地区萨迦县的名字因萨迦寺而来。萨迦寺分南北两寺。北寺在重曲河北岸，建在奔波山的南坡之上，南寺在重曲河南岸，建在平原地带。北寺规模宏大，建筑沿山砌筑，高低错落，连绵逶迤。虽然北寺建筑现已经毁尽无遗，但从其断壁残垣，仍可推知当年鼎盛之时的气派，主要建筑有“古隆神宫”等殿堂。

萨迦北寺始建于公元1073年，创建人为萨迦教派的创始人昆贡觉杰布。北寺最初只是作为萨迦教派的主寺而著称于世。可是到了公元13世纪，即当萨迦寺第四代法王萨班贡噶坚赞执事时期，北寺开始带有政治色彩。其时，蒙古王室为了加强对西藏地区的控制，成吉思汗的孙子阔瑞写信邀请萨班到凉州会晤，萨班逐率其侄八思巴与恰那多吉前往。在这次会晤之中，萨班代表西藏地方势力与蒙古王室达成协议。从此，西藏归顺了（蒙古）元朝。1260年，元世祖忽必烈即位后，封八思巴为国师，令其统管全国佛教事务并主持西藏地区的政务，1265年，八思巴由元大都回到萨迦，开始建西藏地方政权。北寺因之而成为西藏地方行政事务机关的所在地。在这种情况下，八思巴对北寺进行了扩建。

萨迦南寺兴建于公元1268年。这座城堡建筑，是由本钦释迦桑布根据八思巴旨意主持修建的。城堡-有护城壕沟，沟中有水，类似护城河。城墙为圆形土筑墙，上有垛口马面，四角均设角楼，四面中部都建有高耸的敌楼。城内建筑为殿堂和僧舍。“拉康钦莫”是南寺的主体建筑。该建筑原为回字形平面的大殿，据说可容纳一万名喇嘛念经。殿内有大柱四十根，中间的四根尤为粗壮。关于这些粗壮的柱子，萨迦地区有许多传说。由于萨迦寺曾为西藏地方政权所在地，寺内保存的历史文物十分众多，其珍贵者有，元代中央政权给萨迦地方官员的印玺、冠戴、服饰，以及宋、元以来的佛像、法器、瓷器等。萨迦寺的藏书浩繁惊人，不仅有罕见的用金粉、朱砂抄录甘珠尔和贝叶经，还有上万卷有关天文、地理、历算、医药、文学、历史等方面的藏文典籍。因此，萨迦寺又有“第二敦煌”的誉称。